STRUKTUR-FUNGSI SENTROMER DAN TELOMER

Oktober 21, 2008

Nama : Fefi Febriani Indah Sari

NIM : B1J006143

Kelas : A1

Email : phephy_pinky_girl@yahoo.co.id

Blog : phephy.wordpress.com

Jenis topik : A1-AG3

Ringkasan :

Kromosom eukariot, yang telah kita ketahui berbentuk linier, ternyata dapat dikelompokkan menurut kedudukan sentromernya. Sentromer adalah suatu daerah pada kromosom yang merupakan tempat melekatnya benang-benang spindel dari sentriol selama berlangsungnya pembelahan sel. Dilihat dari kedudukan sentromrnya, dikenal ada tiga macam struktur kromosom eukariot, yaitu metasentrik, submetasentrik, dan akrosentrik. Struktur kromosom ini dapat dilihat dengan jelas ketika pembelahan sel berada pada tahap anafase.

Pada metasentrik kedudukan sentromir lebih kurang berada di tengah-tengah kromosom sehingga memberikan kenampakan kromosom seperti huruf V. Oleh karena itu, bentuk metasentrik ini menghasilkan dua lengan kromosom yang kira-kira sama panjangnya. Pada bentuk submetasentrik sentromer terletak di antara tengah dan ujung kromosom sehingga memberikan kenampakan kromosom seperti huruf J. Bentuk submetasentrik menghasilkan dua lengan kromosom yang tidak sama panjangnya. Lengan yang panjang biasanya dilambangkan dengan huruf q, sedang lengan yang pendek p. Bentuk yang ketiga, akrosentrik, dijumpai apabila sentromer terletak hampir di ujung kromosom sehingga memberikan kenampakan kromosom seperti huruf I, dan kedua lengan kromosom semakin jelas beda panjangnya.

Klasifikasi struktur kromosom menjadi metasentrik, submetasentrik, dan akrosentrik tadi sebenarnya agak dipaksakan. Akan tetapi, istilah-sitilah tersebut sangat berguna untuk memberikan gambaran fisik tentang kromosom. Terlebih penting lagi, evolusi kromosom sering kali cenderung mempertahankan jumlah lengan kromosom tanpa mempertahankan jumlah kromosom.

Kromosom yang sedang mengalami pengandaan, yakni pada tahap S di dalam daur sel, terdiri atas dua buah kromatid kembar (sister chromatids), yang satu sama lain dihubungkan pada daerah sentromer. Letak sentromer berbeda-beda, dan perbedaan letak ini dapat digunakan sebagai dasar untuk klasifikasi struktur kromosom seperti telah diuraikan di atas. Pada sentromer terdapat kinetokor, yaitu suatu protein struktural yang berperan dalam pergerakan kromosom selama berlangsungnya pembelahan sel.

Bahan penyusun kromosom adalah DNA (asam deoksiribonukleat) dan protein. Tiap kromatid membawa sebuah molekul DNA yang strukturnya berupa untai ganda sehingga di dalam kedua kromatid terdapat dua molekul DNA.

pada manusia memasukkan paling sedikit 7, sedangkan protein yang lain tidak mendapatkan tempat dalam kromosom. Salah satu protein, CENP-A, sangat mirip dengan histon H dan dianggap menggantikan histon ini dalam sentromer nukleosom. Bagian fungsi sentromer itu sendiri dinyatakan dengan mikroskop elektron, yang ditunjukkan dalam pembelahan sel pada bagian yang seperti piringan yaitu kinetokor, bagian itu sudah ada pada permukaan kromosom dalam daerah sentromer. Struktur tambahannya mikrotubul, yang memancarkan dari kumparan tubuh yang lokasinya pada permukaan inti dan dapat
digambarkan berupa kromosom yang bercabang yang masuk dalam nuklei. Bagian dari kinetokor menyusun alphoid DNA ditambah CENP-A dan protein lainnya, tetapi struktur ini tidak dapat dideskripsikan secara detail.
Bagian penting kedua dari kromosom yaitu daerah terminal atau disebut telomer. Telomer itu penting karena sebagai tanda sasaran terakhir dari kromosom dan untuk memungkinkan sel membedakan daerah akhir ynag disebabkan oleh kerusakan kromosom. Telomer DNA terbuat dari 100 salinan ynag berulang-ulang motifnya, 5’-TTAGGG-3’ pada manusia, dengan perpanjangan yang pendek dari ujung 3’ double-stranded molekul DNA. Dua protein khusus terjepit pada ulangan sekuen dalam telomer manusia yang dinamakan TRF1, yang membantu mengatur lengan telomer manusia dan TRF2 mempertahankan perpanjangan single-strand. Jika TRF2 in aktif lalu perpanjangan hilang dan 2 polinukleotida menyatu bersama dalam hubungan kovalen. Protein telomer yang lain menganggap bentuk hubungan antara telomer dan perifer dari nukleus, merupakan lokasi kromosom terakhir.

Figure. Two views of the nucleosome core octamer. The view on the left is downwards from the top of the barrel-shaped octamer; the view on the right is from the side. The two strands of the DNA double helix wrapped around the octamer are shown in brown and green. The octamer comprises a central tetramer of two histone H3 (blue) and two histone H4 (bright green) subunits plus a pair of H2A (yellow)–H2B (red) dimers, one above and one below the central tetramer. Note the N-terminal tails of the histone proteins protruding from the core octamer. Reprinted with permission from Luger et al., Nature, 389, 251–260. Copyright 1997 Macmillan Magazines Limited.

Daftar pustaka :

Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions. John Wiley and Sons Inc.,New York.

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes), diakses 26 September 2008

Situs terkait :

www.sith.itb.ac.id/profile/pdf/bumarsel/nukleus.pdf

Struktur-Fungsi Sentromer dan Telomer

September 26, 2008

Nama : Fefi Febriani Indah Sari

NIM : B1J006143

Kelas : A1

Email : phephy_pinky_girl@yahoo.co.id

Blog : phephy.wordpress.com

Jenis topik : A1-AG3

Ringkasan :

Kromosom eukariot, yang telah kita ketahui berbentuk linier, ternyata dapat dikelompokkan menurut kedudukan sentromernya. Sentromer adalah suatu daerah pada kromosom yang merupakan tempat melekatnya benang-benang spindel dari sentriol selama berlangsungnya pembelahan sel. Dilihat dari kedudukan sentromrnya, dikenal ada tiga macam struktur kromosom eukariot, yaitu metasentrik, submetasentrik, dan akrosentrik. Struktur kromosom ini dapat dilihat dengan jelas ketika pembelahan sel berada pada tahap anafase.

<!– @page { size: 21cm 29.7cm; margin: 2cm } P { margin-bottom: 0.21cm } –>

fe

Gambar 3.2. Struktur kromosom pada anafase

a) metasentrik b) submetasentrik c) akrosentrik

s = sentromir

s

s s

a) b) c)

Gambar 3.2. Struktur kromosom pada anafase

a) metasentrik b) submetasentrik c) akrosentrik

s = sentromir

Pada metasentrik kedudukan sentromir lebih kurang berada di tengah-tengah kromosom sehingga memberikan kenampakan kromosom seperti huruf V. Oleh karena itu, bentuk metasentrik ini menghasilkan dua lengan kromosom yang kira-kira sama panjangnya. Pada bentuk submetasentrik sentromer terletak di antara tengah dan ujung kromosom sehingga memberikan kenampakan kromosom seperti huruf J. Bentuk submetasentrik menghasilkan dua lengan kromosom yang tidak sama panjangnya. Lengan yang panjang biasanya dilambangkan dengan huruf q, sedang lengan yang pendek p. Bentuk yang ketiga, akrosentrik, dijumpai apabila sentromer terletak hampir di ujung kromosom sehingga memberikan kenampakan kromosom seperti huruf I, dan kedua lengan kromosom semakin jelas beda panjangnya.

Klasifikasi struktur kromosom menjadi metasentrik, submetasentrik, dan akrosentrik tadi sebenarnya agak dipaksakan. Akan tetapi, istilah-sitilah tersebut sangat berguna untuk memberikan gambaran fisik tentang kromosom. Terlebih penting lagi, evolusi kromosom sering kali cenderung mempertahankan jumlah lengan kromosom tanpa mempertahankan jumlah kromosom.

Kromosom yang sedang mengalami pengandaan, yakni pada tahap S di dalam daur sel, terdiri atas dua buah kromatid kembar (sister chromatids), yang satu sama lain dihubungkan pada daerah sentromer. Letak sentromer berbeda-beda, dan perbedaan letak ini dapat digunakan sebagai dasar untuk klasifikasi struktur kromosom seperti telah diuraikan di atas. Pada sentromer terdapat kinetokor, yaitu suatu protein struktural yang berperan dalam pergerakan kromosom selama berlangsungnya pembelahan sel.

Bahan penyusun kromosom adalah DNA (asam deoksiribonukleat) dan protein. Tiap kromatid membawa sebuah molekul DNA yang strukturnya berupa untai ganda sehingga di dalam kedua kromatid terdapat dua molekul DNA.

hiii


Gambar 3.3. Gambaran umum struktur kromosom eukariot

yang sedang mengalami penggandaan

  1. kromosom

  2. molekul DNA

Protein sentromer pada manusia memasukkan paling sedikit 7, sedangkan protein yang lain tidak mendapatkan tempat dalam kromosom. Salah satu protein, CENP-A, sangat mirip dengan histon H dan dianggap menggantikan histon ini dalam sentromer nukleosom. Bagian fungsi sentromer itu sendiri dinyatakan dengan mikroskop elektron, yang ditunjukkan dalam pembelahan sel pada bagian yang seperti piringan yaitu kinetokor, bagian itu sudah ada pada permukaan kromosom dalam daerah sentromer. Struktur tambahannya mikrotubul, yang memancarkan dari kumparan tubuh yang lokasinya pada permukaan inti dan dapat
digambarkan berupa kromosom yang bercabang yang masuk dalam nuklei. Bagian dari kinetokor menyusun alphoid DNA ditambah CENP-A dan protein lainnya, tetapi struktur ini tidak dapat dideskripsikan secara detail.
Bagian penting kedua dari kromosom yaitu daerah terminal atau disebut telomer. Telomer itu penting karena sebagai tanda sasaran terakhir dari kromosom dan untuk memungkinkan sel membedakan daerah akhir ynag disebabkan oleh kerusakan kromosom. Telomer DNA terbuat dari 100 salinan ynag berulang-ulang motifnya, 5’-TTAGGG-3’ pada manusia, dengan perpanjangan yang pendek dari ujung 3’ double-stranded molekul DNA. Dua protein khusus terjepit pada ulangan sekuen dalam telomer manusia yang dinamakan TRF1, yang membantu mengatur lengan telomer manusia dan TRF2 mempertahankan perpanjangan single-strand. Jika TRF2 in aktif lalu perpanjangan hilang dan 2 polinukleotida menyatu bersama dalam hubungan kovalen. Protein telomer yang lain menganggap bentuk hubungan antara telomer dan perifer dari nukleus, merupakan lokasi kromosom terakhir.

Daftar pustaka : Genome T. A. BROWN (2002)

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes)

Situs terkait : www.sith.itb.ac.id/profile/pdf/bumarsel/nukleus.pdf

Struktur-fungsi sentromer dan telomer

September 24, 2008

Benang kromatin 30 nm dalam nukleus selama interfase, yaitu periode antara pembelahan inti. Ketika nukleus terbagi, DNA mengambil bentuk yang lebih padat dari pengemasan, hasil akhir kromosom metafase dapat dilihat dengan mikroskop dan mempunyai bentuk umum yang berhubungan dengan kromosom. Kromosom metafase yaitu bentuk dari tahap siklus sel setelah replikasi DNA dalam mengambil tempat dan masing-masing terdiri dari dua salinan molekul kromosomal DNA. Dua salinan tersebut bersama-sama menuju ke sentromer. Sentromer adalah suatu daerah pada kromosom yang merupakan tempat melekatnya benang-benang spindel dari sentriol selama berlangsungnya pembelahan sel. Dilihat dari kedudukan sentromernya, dikenal ada 3 macam struktur kromosom eukariot, yaitu metasentrik, sub metasentrik, dan akrosentrik. Struktur kromosom ini dapat dilihat dengan jelas ketika pembelahan sel berada pada tahap anafase. Kromosom dapat diakui karena ukuran dan lokasinya dari sentromer. Setelah itu yang membedakan fitur dinyatakan ketika kromosom itu tercemar. Sebuah angka lah yang mencemari perbedaan tekniknya, masing-masing pola itu memiliki karakteristik untuk partikuler kromosom. Ini artinya seperangkat kromosom dimiliki oleh organisme yang dapat dopresentasikan sebagai karyogam, yang berupa pita umum dari masing-masing yang telah digambarkan.
Kedua DNA daerah sentromer dan protein dempet itu, memiliki fitur khusus. Sekuen nukleotida dari sentromer DNA yang paling baik pada tumbuhan Arabidopsis thaliana, dengan beberapa ketelitian telah memungkinkan posisi sentromer pada sekuen DNA. Sekuen Arabidopsis memiliki jangkauan DNA 0,9-1,2 Mb dan masing-masing dibuat lebih besar 180-bp sekuen yang berulang. Pada manusia sekuen ekuivalen 171 bp dan dinamakan alphoid DNA. Akan tetapi, sentromer Arabidopsis juga terdiri dari berbagai salinan genom, disepanjang daerah dengan sedikit gen, yang kepadatannya 7-9 per 100 kb dengan 25 gen per 100 kb untuk daerah non sentromer dari kromosom Arabidopsis.
Protein sentromer pada manusia memasukkan paling sedikit 7, sedangkan protein yang lain tidak mendapatkan tempat dalam kromosom. Salah satu protein, CENP-A, sangat mirip dengan histon H dan dianggap menggantikan histon ini dalam sentromer nukleosom. Ada perbedaan yang kecil antara CENP-A dan H3 dalam memberi peralatan yang khusus pada sentromer nukleosom, tetapi sebenarnya peralatan itu apakah mungkin dan bagaimana mereka berhubungan dengan funsi dari sentromer yang tidak diketahui keberadaannya. Bagian fungsi sentromer itu sendiri dinyatakan dengan mikroskop elektron, yang ditunjukkan dalam pembelahan sel pada bagian yang seperti piringan yaitu kinetokor, bagian itu sudah ada pada permukaan kromosom dalam daerah sentromer. Kinetokor adalah suatu protein struktural yang berperan dalam pergerakan kromosom selama berlangsungnya pembelahan sel. Struktur tambahannya mikrotubul, yang memancarkan dari kumparan tubuh yang lokasinya pada permukaan inti dan dapat digambarkan berupa kromosom yang bercabang yang masuk dalam nuklei. Bagian dari kinetokor menyusun alphoid DNA ditambah CENP-A dan protein lainnya, tetapi struktur ini tidak dapat dideskripsikan secvara detail.
Bagian penting kedua dari kromosom yaitu daerah terminal atau disebut telomer. Telomer itu penting karena sebagai tanda sasaran terakhir dari kromosom dan untuk memungkinkan sel membedakan daerah akhir ynag disebabkan oleh kerusakan kromosom. Telomer DNA terbuat dari 100 salinan ynag berulang-ulang motifnya, 5’-TTAGGG-3’ pada manusia, dengan perpanjangan yang pendek dari ujung 3’ double-stranded molekul DNA. Dua protein khusus terjepit pada ulangan sekuen dalam telomer manusia yang dinamakan TRF1, yang membantu mengatur lengan telomer manusia dan TRF2 mempertahankan perpanjangan single-strand. Jika TRF2 in aktif lalu perpanjangan hilang dan 2 polinukleotida menyatu bersama dalam hubungan kovalen. Protein telomer yang lain menganggap bentuk hubungan antara telomer dan perifer dari nukleus, merupakan lokasi kromosom terakhir.
Berikut situs yang dapat dibuka untuk melihat gambar dari struktur sentromer dan telomer

Pemilihan Fluorogenik dan Medium Diferensial untuk Isolasi Enterobacter sakazakii

Mei 17, 2008

Enterobacter sakazakii telah dicantumkan dalam bentuk yang keras pada infeksi neonatal seperti meningitis (radang otak atau sumsum tulang belakang) dan sepsis (peracunan darah). Meskipun habitat alami dari Enterobacter sakazakii tidak diketahui, formula bayi yang kering telah diidentifikasi sebagai sumber infeksi dari Enterobacter sakazakii.

VRBG (Violet Red Bile Glucose) adalah salah satu media dengan aliran yang digunakan untuk isolasi (pemisahan) dan enumerasi (menyebutkan masing-masing), tetapi media ini belum cukup selektif dan medium lain, TSA (Tryptic Soy Agar) dibutuhkan waktu inkubasi selama 48 sampai 72 jam, untuk menghasilkan karakteristik dan pigmentasi koloni yang kuning. Selanjutnya, pigmentasi kuning Enterobacter sakazakii dapat diisolasi dari specimen yang klinikal dan air yang segar.

Muytjen et.al menguraikan profil enzimatis dari Enterobacter sakazakii dan spesies dihubungkan dengan spesies menurut referensi untuk reaksi α-glukosidase. Farmer et.al. mendasarkan 53 sampai 57 strain dari Enterobacter sakazakii menjadi positif untuk aktivitas α-glukosidase. Oleh karena itu, dalam mendeteksi aktivitas α-glukosidase akan digunakan peralatan yang kuat dalam mengembangkan medium diferensial.

4-methylumbelliferyl-α-D-glukosida adalah salah satu substrat untuk substrat α-glukosidase dan menjadi fluorogenik dengan pemecahan bebas setengah dari 4-methylumbelliferyl ketika diterangkan panjang gelombang radiasi UV (ultraviolet). Sejak, salah seorang yang bukan merukan pelajar, dia telah menunjukkan pada Enterobacter sakazakiii untuk seleksi dan diferensiasi menggunakan aktivitas α-glukosidase dengan substrat fluorogenik. Pelajaran ini sebagai usaha mengembangkan medium selektif dan diferensial untuk Enterobacter sakazakiii menggunakan aktivitas α-glukosidase.

Diantara substrat α-glukosidase, 4-nitrophenyl-α-D-glukopiranosida dan 4-methylumbelliferyl-α-D-glukosida dicoba sebagai penilai. Bentuk koloni 4-nitrophenyl-α-D-glukopiranosida berwarna kuning dan 4-methylumbelliferyl-α-D-glukosida menghasilkan pijaran koloni dibawah iradiasi (365 nm). Akan tetapi, 4-nitrophenyl-α-D-glukopiranosida mempunyai pembatas karena menghasilkan warna kuning, dan 4-nitrophenol dihamburkan dengan mudah pada agar. Tetapi 4-methylumbelliferyl-α-D-glukosida memberikan hasil yang berbeda dan tidak jarang jumlah pijaran koloni Enterobacter sakazakii.

Dalam seleksi medium dasar, ada 3 macam media yang dicoba, antara lain sebagai berikut :

  1. Selektif dan media diferensial (VRBG agar)
  2. Selektif media tanpa substrat diferensial (Tryp Tone Bile Agar)
  3. Non selektif media tanpa substrat diferensial (TSA).

Semua media tersebut diatas dicantumkan 4-methylumbelliferyl-α-D-glukosida sebagai substrat.

Pada jurnal ini dicantumkan 5 tabel pengamatan, yaitu :

I. Strain bakteri yang digunakan untuk mengevaluasi selektif dan media diferensiasi.

II. Selektifitas dari 4-methylumbelliferyl-α-D-glukosida oleh media yang solid dan diproduksikan setelah waktu inkubasi pada suhu 30◦C selama 24 jam.

III. Seleksi sumber nitrogen dan konsentrasi tripton yang optimal pada inkubasi 30◦C selama 24 jam.

IV. Efek waktu inkubasi dan temperatur dari fluorescent Enterobacter sakazakii dan jumlah total mikroorganisme yang diuji coba.

V. Verifikasi dari koloni fluorescent dan nonfluoroscent pada medium OK.

Nama: Fefi Febriani Indah Sari

NIM: B1J006143

Email: phephy_pinky_girl@yahoo.co.id

Website: http://phephy.wordpress.com/

Pustaka :

Se-Wook Oh and Dong-Hyun Kang (2004) Fluorogenic Selective and Differential Medium for Isolation of Enterobacter sakazakii Appl. Envir. Microbiol. 2004 70: 5692-5694. [Abstract] [Full Text] [PDF]

Halo dunia!

Maret 22, 2008

Welcome to WordPress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!


Ikuti

Get every new post delivered to your Inbox.